"Jménem katolických biskupů českých a moravských diecézí vyslovuji uspokojení nad tím, že naši zákonodárci splnili svou povinnost a v demokratické volbě zvolili novou hlavu našeho státu. Nově zvolenému prezidentovi České republiky Václavu Klausovi vyslovuji své blahopřání. Hlavě státu vyprošujeme Boží požehnání pro všechny kroky k prospěchu naší vlasti a všech občanů." Takto reagoval arcibiskup Graubner v oficiálním prohlášení České biskupské konference. Plzeňský biskup Radkovský rovněž zdůraznil roli modlitby: "Je třeba, abychom se za něj modlili a doprovázeli ho v jeho nelehkém úkolu."
Ekumenická rada církví, podle slov svého předsedy, biskupa církve slezské evangelické, Volného, doufá, že si nový prezident uvědomí křesťanské základy. "Demokracie vyrůstá z křesťanských hodnot. Nejde o to, aby byli křesťané na výsluní - očekáváme, že Václav Klaus bude prezidentem všech občanů a že se občas ke křesťanským kořenům a hodnotám, patřícím ke sjednocující se Evropě, přihlásí a že je podpoří," řekl biskup Volný.
Avšak i církevní kruhy umějí dát najevo své emoce. Jedním těch, kteří volbu Václava Klause radostně vítali, byl patriarcha Československé církve husitské Schwarz. "Máme radost, že se léta hlásí k Církvi československé husitské." I nadšenci mají svá přání. "Očekáváme od něho, že stejným způsobem, jakým budoval demokratickou pravicovou stranu, bude nyní dál budovat v České republice demokratický stát," prohlásil Schwartz. CČSH je třetí největší náboženskou denominací u nás.
Konzervativní hnutí Una Voce je Klausem okouzleno. Konzervativci však spojili vyjádření k nové hlavě státu s veřejným napadením kardinála Vlka: "I přes jeho nepochybný neutrální postoj vůči římskokatolické církvi se s Václavem Klausem dá jednat - rozhodně lépe než se sociálními demokraty. Nesmí se ale postupovat tak nešťastně, jak to zatím se všemi vládami dělal kardinál Miloslav Vlk." Hnutí Una Voce se líbí Klausova skepse k EU a hned přidává svou naději: "Doufáme, že Václav Klaus zaujme realističtější postoj k naší případné integraci do Evropské unie." A nezapomněli ani na církevní majetek. "Václav Klaus bude vůči nárokům římskokatolické církve pozornější."
Osoba Václava Klause vyvolává i rozpaky a obavy. Prof. Halík neskrývá svou skepsi. "Václav Klaus je pro mne ztělesněním téměř pravého opaku názorů, hodnot a vlastností, které bych od nástupce Václava Havla očekával, je pro většinu společnosti symbolem "Doby Kožené a Železné", která už jednou musí skončit. Nemohu se zbavit obav z velmi negativních dopadů této volby jak na domácí politickou scénu a mezinárodní vztahy, tak na morální klima české společnosti - a budu velmi rád, pokud se mé obavy nesplní." Ale Prof. Halík vidí i jistou naději bez ohledu na to, kdo je novým prezidentem. "Avšak nepropadněme pesimismu: byli jsme před Klausem, budeme i po něm."