Druhý den návštěvy (15.11.) "Ad limina" v Římě začal pro biskupy České biskupské konference návštěvou na Kongregaci pro biskupy. Prefekt této kongregace kardinál Giovanni Battista Re velmi srdečně přivítal 16 biskupů českých a moravských diecézí, z nichž některé znal osobně již z předchozích setkání - kardinál Re navštívil Českou republiku v rámci papežské návštěvy v roce 1995.

Jednání mělo velmi věcný a konkrétní charakter. Prefekt kongregace byl zevrubně obeznámen se situací jednotlivých diecézí ze zpráv, které biskupové před návštěvou "Ad limina" do Vatikánu zaslali. Stejně tak znal závěrečný dokument Plenárního sněmu katolické církve v České republice (ČR), o kterém se vyjádřil velmi pochvalně, stejně tak jako o celém průběhu sněmovního procesu u nás. Závěrečný sněmovní dokument je v současné době posuzován na několika příslušných vatikánských kongregacích a radách. V dalších bodech apeloval kardinál Re na biskupy, aby ve své službě byli vždy maximálně trpěliví a maximálně prohlubovali bratrský vztah ke kněžím a svěřenému Božímu lidu.
Zajímavostí je také to, že od začátku roku 2006 přejde správa všech diecézí ČR právě pod Kongregaci pro biskupy, jak je to běžné ve většině ostatních zemí. V době komunismu, kdy byla situace katolické církve v naší zemi nestandardní, byly diecéze spravovány přímo prostřednictvím Státního sekretariátu Svatého stolce a tato situace trvá doposud.

Další významnou kongregací, jejíž návštěvu absolvovali biskupové během dnešního dopoledne, byla Kongregace pro nauku víry. Zde se s nimi setkal její prefekt arcibiskup William J. Levada a sekretář arcibiskup Angelo Amato. Oba vyjádřili spokojenost nad tím, do jaké hloubky znají naši biskupové dokumenty, které kongregace vydává. Protože v kompetenci této kongregace bylo začátkem 90. let minulého století řešení problematiky tzv. podzemní církve u nás, jednali biskupové i o této otázce.

6 biskupů (Miloslav Vlk, Jan Graubner, František Radkovský, Vojtěch Cikrle, Ladislav Hučko, František Lobkowicz) se dnes sešlo na Papežské radě pro jednotu křesťanů s kardinálem Walterem Kasperem. Biskup František Radkovský, který má v rámci ČBK na starosti ekumenismus, představil dokumenty ČBK, které se této otázce věnují. Jsou to: Dohoda o duchovní službě ve věznicích, Dohoda o křtu, Dohoda o duchovní službě v rezortu Ministerstva obrany, Mezinárodní sympozium o Mistru Janu Husovi, Duchovní péče o laiky působící v pastorační službě církve, Charta Oecumenica – Směrnice pro růst a spolupráci mezi církvemi v Evropě, Společenství ve svátostech s křesťany jiných církví a Direktář k provádění ekumenických principů a norem.

Hovořilo se také o spolupráci s Ekumenickou radou církví v ČR jak v konkrétních projektech (duchovní služba v armádě a u policie), tak při komplikovaných jednáních se státem. Zmíněny však byly i některé problémy, jako například dohoda se Starokatolickou církví o místě působení bývalých římskokatolických kněží, kteří přešli do služby ve Starokatolické církvi. Kardinál Kasper ubezpečil naše biskupy, že obdobné problémy se objevují i v mnoha jiných zemích. Tématem rozhovoru byly i ekumenické kontakty s Pravoslavnou církví a mnohé osobní zkušenosti, které kardinál Kasper v oblasti ekumenismu získal.
Biskup Vojtěch Cikrle dnes odpoledne navštívil také Papežskou radu pro rodinu a biskup Ladislav Hučko Papežskou radu pro pastoraci mezi vystěhovalci a turisty.

V 17.00 hodin začla slavnostní liturgie v bazilice sv. Jana v Lateránu. Hlavním celebrantem a kazatelem byl kardinál Miloslav Vlk. Bazilika San Giovanni in Laterano je katedrálním kostelem římského biskupa (papeže). Laterán daroval církvi v roce 326 Konstantin Veliký. Od 8. století sloužil jako hlavní papežská rezidence a od konce 16. století je letním sídlem. Bazilika byla původně zasvěcena ke cti Nejsvětějšího Vykupitele a začátkem 10. století ji dodatečně zasvětili dvěma Janům - Evangelistovi a Křtiteli (904).

Po liturgii  následovalo slavnostní setkání v koleji Nepomucenum a také pohoštění, které pro biskupy připravil velvyslanec České republiky u Svatého stolce Pavel Jajtner. Českou republiku ve Vatikánu zastupuje jako třetí velvyslanec. Své pověřovací listiny předal do rukou papeže Jana Pavla II. dne 28.4.2003.